Identificación de polimorfismos de nucleótido simple en alpaca (Vicugna pacos) usando un panel de células híbridas irradiadas alpaca/hámster

• Autor: Mamani, C.,Gutierrez, G. y Ponce de León, F. A.
• Formato: artículo
• Fecha de Publicación: 2017
• Institución: Consejo Nacional de Ciencia Tecnología e Innovación
• Repositorio: CONCYTEC-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.concytec.gob.pe:20.500.12390/841
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12390/841; https://dx.doi.org/10.25127/ricba.20171.242
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: PNS; alpaca; genómica; micromatriz; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#4.03.01

El objetivo del presente estudio fue identificar los polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) usando un panel celular híbrido irradiado alpaca/hámster y una micromatriz de alta densidad del bovino. El análisis bioinformático se realizó en la Universidad Nacional Agraria La Molina. La metodología consistió en la genotipificación del panel celular y cuatro muestras controles utilizando una micromatriz de alta densidad para bovinos (BovineHD BeadChip-Illumina). El panel celular estuvo compuesto por 92 clones celulares híbridos irradiados alpaca/hámster con una retención igual o mayor al 40 % del genoma de alpaca. Los cuatro controles contuvieron ADN genómico de alpaca huacaya macho, alpaca huacaya hembra, la línea celular de hámster A23 y una mezcla de alpaca macho y hámster en una proporción de 1:10. Los análisis de datos fueron ejecutados con los programas GenomeStudio, Excel y R. Los resultados de genotipar las 4 muestras controles registraron 294,165 PNSs con señal positiva en la micromatriz y la cantidad final de PNS de alpaca después de filtrar y eliminar los PNS positivos comunes con hámster se identificaron un total de 50,686 PNS en el genoma de alpaca. En conclusión, se identificaron 6,5 % PNS del total de los PNS analizados en la micromatriz de alta densidad de bovinos.