Identificación in silico de un grupo de secuencias ortólogas conservadas (COS) de Ipomoea batatas

• Autor: Solís Calero, Christian
• Formato: artículo
• Fecha de Publicación: 2008
• Institución: Universidad Nacional Mayor de San Marcos
• Repositorio: Revista UNMSM - Revista Peruana de Biología
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:ojs.csi.unmsm:article/1679
• Enlace del recurso: https://revistasinvestigacion.unmsm.edu.pe/index.php/rpb/article/view/1679
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: COS; Ipomoea batatas; ortholog; low copy genes; ESTs; genes de baja copia; ortólogos; ESTs.

En el presente trabajo se describe una serie de procedimientos bioinformáticos para la predicción de un grupo secuencias ortólogas conservadas (COS) de Ipomoea batatas, así como la evaluación de su potencial utilidad para la generación de marcadores moleculares y estudios de diversidad en esta especie. Con ese propósito usando los programas BLAST X y TBLASTN se realizó una comparación reciproca por similaridad entre secuencias ESTs procedentes de librerías de cDNAs de Ipomoea batatas, propias o disponibles de modo público en la base de datos GenBank, con secuencias COS de Arabidopsis thaliana. La anotación funcional de las secuencias COS predichas en Ipomoea batatas se realizo usando los programas BLASTX, INTERPROSCAN y PSI-BLAST. Se obtuvieron en total 204 secuencias COS candidatos de Ipomoea batatas, siendo 16 secuencias provenientes de una librería generada a partir de raíces de reserva. Se evaluó de modo computacional el polimorfismo de las secuencias COS de raíces de reserva, obteniéndose SNPs en 8 secuencias, y secuencias repetidas en tandem en una de ellas.
We develop some bioinformatics procedures to predict Conserved Ortholog Set (COS) sequences from Ipomoea batatas, and evaluate their usefulness for molecular markers and diversity studies of this species. We predict orthology relationship between Ipomoea batatas ESTs sequences and Arabidopsis thaliana COS sequences, according to Best Bidirectional Hits (BBHs) criteria, realizing similarity comparison using BLAST X and TBLASTN programs. We obtained a set of 204 putative COS sequences, 16 of them belonged to storage roots. Functional annotation of sweet potato predicted sequences COS was realized using BLASTX, INTERPROSCAN and PSI-BLAST programs. We evaluate possible polymorphisms in COS candidate sequences, finding SNPs in eight sequences and tandem repeats in one of them.