Molle se encuentra a 420 m.s.n.m., en la margen derecha del valle bajo del río Lurín, en el distrito de Cieneguilla, a 24 km al noreste del Santuario Arqueológico de Pachacamac. Tiene una extensión aproximada de 40 hectáreas, aunque en la actualidad viene siendo seriamente afectado por la expansión agrícola y por fenómenos aluviales.