La subcuenca del río Yapatera se ubica en la zona media, margen derecha de la cuenca del río Piura, entre las coordenadas UTM 9 434 169 a 9 463 487 norte y 589 153 a 623 213 este. Ocupa una extensión aproximada de 240.40 km2 y limita hidrográficamente por el norte y noroeste con la subcuenca del río Chipillico, inscrita a la cuenca binacional Catamayo-Chira y la naciente de la subcuenca del río Sancor; por el sur con la subcuenca del río San Jorge; por el este con la subcuenca del río San Pedro y por el oeste con la subcuenca del río Guanábano. Se caracteriza por una forma alargada y encañonada respecto a las subcuencas adyacentes, recorre diferentes pisos ecológicos (desde los 85 hasta 3 375 msnm).