F. hepatica es un tremátodo agente causal de la Fascioliasis, una parasitosis de gran importancia en la industria ganadera, que ha demostrado presentar una gran diversidad genética en diferentes regiones del mundo. En la provincia de Chachapoyas, este parásito es reportado en altas prevalencias e investigaciones previas sugieren la presencia de haplotipos compartidos con otras zonas del Perú y del mundo. Este estudio tuvo como objetivo caracterizar molecularmente a la F. hepatica circulante en bovinos de Chachapoyas empleando los marcadores genéticos mitocondriales subunidad 1 de citocromo c-oxidasa (COX1) y subunidad 1 de nicotinamida deshidrogenasa (NAD1), los cuales fueron amplificados y secuenciados mediante NGS. Un total de 7 haplotipos se identificaron en el gen COX1 y 6 en el gen NAD1 en 45 muestras. Solo tres haplotipos en total fueron reportados por primera vez (COX1-HAP3, ...