Introducción. Los manantiales son afloramientos naturales de agua subterránea en la superficie y constituyen recursos estratégicos para el suministro de agua, la conservación de la biodiversidad y el bienestar social y económico. Comprender su ecología es fundamental para establecer prioridades de manejo y conservación sostenibles. Objetivo. Caracterizar la estructura de las comunidades de macroinvertebrados acuáticos y evaluar la calidad de agua en tres manantiales—uno de ellos hidrotermal—de la subcuenca del río Chili, Arequipa, Perú. Materiales y Métodos. Se aplicó un diseño no experimental, transversal. Los macroinvertebrados acuáticos fueron muestreados mediante red Surber y los parámetros fisicoquímicos se midieron in situ con un equipo multiparámetro. Resultados. Se registraron un total de 42 familias de macroinvertebrados acuáticos en los tres manantiales. C...