El objetivo del presente trabajo fue identificar biomarcadores aromáticos en el proceso de fermentación espontánea (FE) y fermentación con cultivo iniciador (FC) (Saccharomyces cerevisiae) en cacao nativo orgánico procedente de tres localidades de la región Amazonas. Ambas fermentaciones se realizaron por un periodo de siete días. La extracción de compuestos volátiles se realizó por microextracción en fase sólida de espacio de cabeza-cromatografía de gases-espectrometría de masas (HS-SPME-GC-MS). Se identificaron biomarcadores aromáticos de las familias de alcoholes, esteres, cetonas, ácidos, aldehídos, terpenoides y terpenos, furanos, furanonas, piranos, pironas, hidrocarburos y otros. Los biomarcadores aromáticos deseables fueron 3-metilbutanal (58.67 μg/g), 2-metilbutanal (12.07 μg/g), 3-metil-1-butanol (41.99 μg/g), alcohol feniletílico (33.91 μg/g), 2-heptanol...