La transcripción es un proceso fundamental de la vida ya que es el primer paso de la expresión de genes. Este es llevado a cabo por la RNA polimerasa (RNAP) y el primer evento involucra la interacción DNA-proteína entre la RNAP y una secuencia específica en el DNA o promotor. En 1999, Rivetii et al., mediante el uso de la microscopía de fuerza atómica (AFM), proponen que la interacción entre la RNAP de E. coli y el promotor λPR genera una estructura donde el DNA se enrolla alrededor la RNAP. Posteriormente, esto fue observado en otros promotores como el tRNAtyr, hdeAB, rrnB P1 y P2 con la RNAP de E. coli, y entre el promotor de adenovirus y la RNAP pol II de S. cerevisiae. Debido a esto, parece que el enrollamiento, en la iniciación de la transcripción, es un proceso conservado en los organismos vivos. Aquí, se presenta el primer estudio de la dinámica del enrollamiento del ...

La respuesta estricta (RE) es una respuesta celular conservada frente al estrés ambiental. En la RE, se produce ppGpp y se genera la reducción de los RNA estables (rRNA y tRNA). Estudios in vitro muestran que el ppGpp reduce de la velocidad de transcripción de la RNA polimerasa (RNAP) en los complejos de elongación (CTE) de Escherichia coli. Sin embargo, hasta la fecha, no se conoce el mecanismo básico de su accionar. Los estudios de moléculas individuales muestran que la RNAP polimeriza un RNA (estados dentro de la vía de actividad u on-pathway) interrumpido por pausas (estados fuera de la vía u off-pathway). En el presente estudio se evaluó el efecto del ppGpp en la elongación de los CTE por la microscopía de pinzas ópticas, en tiempo real y a nivel individual. Se observó que el ppGpp duplica la velocidad libre de pausas (11 a 20 nt/s) y mantiene la naturaleza difusiva de ...