Antecedentes: El hipotiroidismo congénito es una alteración funcional congénita que puede afectar severamente el desarrollo del recién nacido y su vida futura. Objetivo: Conocer la frecuencia y los factores asociados al hipotiroidismo congénito en pacientes del Servicio de Neonatología del Hospital III Goyeneche Arequipa, periodo 2013 – 2017. Métodos: Para tal fin se revisaron las historias clínicas de pacientes con diagnóstico de hipotiroidismo congénito que cumplieron criterios de selección en el periodo de estudio. Se muestran variables mediante estadística descriptiva. Resultados: En el periodo de estudio de cinco años se encontraron 18 casos, con una frecuencia de 1.61 casos por cada 1000 nacidos vivos por año, con una tendencia creciente en los últimos dos años. Hubo antecedente familiar de hipotiroidismo congénito en 22.22%. El 22.22% de casos nació por parto c...