El presente estudio tuvo como objetivo general determinar la relación de la auditoría interna con el control del flujo de caja de la Municipalidad de San Isidro 2014. La investigación fue de tipo aplicada y el nivel explicativo; se utilizó el método y diseño de investigación fue ex-post facto, La población en estudio estuvo constituida por 134 personas y la muestra se determinó probabilísticamente cuyo resultado fue 100 personas que laboran en el área de auditoría interna, tesorería y contabilidad de dicha entidad municipal.