En la serie Calera de edad Terciario, donde está emplazada el depósito de Colquijirca se ha determinado la presencia de argilitas bituminosos y carboníferas. En estrecha relación con estas argilitas que se depositaron bajo condiciones reductoras, se formó pirita framboidal y esfalerita. La mineralización no es solamente estratoligada sino mayormente estratiforme, estructuras sinsedimentarias afectan rocas tanto mineralizados como no mineralizadas. En lo parte sur de lo mina se ha encontrado piritas que poseen estructura zonada, las zonas contienen valores de 3 a 4.5 ojo de Cu.