El IPA ha sido fundado en 1968 por los Obispos y Prelados de siete jurisdicciones eclesiásticas: Cusco, Puno, Abancay, Juli, Ayaviri, Sicuani y Chuquibambilla. La idea había surgido desde 1966 y el Arzobispo del Cusco, Mons. Ricardo Durand Flores consiguió de la Iglesia Católica Alemana, mediante la organización Adveniat, el presupuesto necesario para llevar a cabo los cursillos y las investigaciones previas a la elaboración de líneas de acción pastoral para una Evangelización que respete y fomente los valores culturales del pueblo campesino aymara y quechua de la región sur-andina del Perú. La Sociedad Misionera Americana (Padres de Maryknoll) también proporcionó una importante ayuda económica inicial.

Bishop Ricardo Durand Flores, sj. Archbishop of Cuzco, after many consultations and studies, began in 1968, with six Bishops and Prelates from the southern Andean region of Peru, the Andean Pastoral Institute.