El presente trabajo de investigación tiene como objetivo identificar la caracterización agro-morfológica y protocolo pre-molecular del germoplasma de pepino dulce (Solanum muricatum) en la región de Ayacucho, provincia de Huamanga. Se evaluó 50 caracteres cualitativos y 27 caracteres cuantitativos, mediante descriptores morfológicos de IPGRI y COMAV; luego se validó 4 protocolos de extracción de ADN, Collins, Sorbitol, Vilanova y CTAB. Los 25 tratamientos (accesiones) se instalaron empleando el diseño experimental Latice Simple 5x5 con 3 repeticiones. Como resultado, mediante el índice de codo o suma de cuadrados, para la diversidad genético se determinó el número de clúster en 5 grupos con un coeficiente de similitud 13%, tanto el clúster y biplot discriminaron claramente a la especie Capsicum pubescens (rocoto, T25) como control. El mayor porcentaje de variabilidad mostr...