El Tratado de Libre Comercio y Navegación le concede al Ecuador la posibilidad de navegar en el Amazonas y sus afluentes septentrionales, lo cual dará origen a una serie de actividades que se llevarán a cabo en la jurisdicción de la Quinta Zona Naval, estas actividades podrán ser lícitas como es el caso del comercio o ilícitas como es el caso del contrabando, narcotráfico, terrorismo, entre otras. El Presente trabajo de investigación analiza las disposiciones contenidas en el Tratado de Libre Comercio y Navegación, asimismo busca determinar la organización de los medios humanos y materiales para ejercer el control de dicha zona. Para ello se efectúa un análisis de la organización actual y funciones asignadas a cada organismo para ver la competencia de cada uno de ellos; así como los medios con que deben contar.