Este artículo analiza, desde la experiencia de uso, dos herramientas de marcación XML JATS para artículos científicos: Markup de SciELO y Marcalyc de Redalyc. El objetivo es mostrar las diferencias o similitudes en cada uno de estos desarrollos tecnológicos. Para ello, se realiza un análisis comparativo que contempla cuatro ejes de reflexión: 1) la concepción de la herramienta, 2) la metodología aplicada, 3) las comunidades o entidades usuarias y 4) sus implicaciones. Se concluye que la tarea de marcaje está determinada por herramientas tecnológicas que obedecen a distintas lógicas y modelos de comunicación de la ciencia. La contribución del texto recae en develar la importancia de recuperar el sentido del XML JATS como un lenguaje estándar e interoperable que permita el diálogo entre los sistemas de información sin duplicar el esfuerzo y el trabajo editorial de revistas...