La creciente demanda de alimentos seguros, funcionales y de alta calidad ha impulsado la aplicación de herramientas metagenómicas en los campos de la microbiología y la química alimentaria. Este artículo analizó sus aplicaciones en alimentos fermentados, con énfasis en su utilidad para caracterizar comunidades microbianas y su relación con los cambios químicos, sensoriales y funcionales, a fin de evaluar su impacto en la calidad, la inocuidad alimentaria y el desarrollo de nuevos productos. La metodología comprendió una revisión temática de estudios publicados entre 2015 y 2025, que abordaron técnicas metagenómicas, diversidad microbiana en alimentos fermentados, compuestos bioactivos y aplicaciones emergentes. Los resultados mostraron que la metagenómica facilita la detección de microorganismos, la predicción de vías metabólicas y la identificación de genes relacion...