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Uno de los aspectos más importantes en el crecimiento epitaxial de películas finas es la movilidad de adatoms y pequeños aglomerados. Como esta movilidad está relacionada a las energías de activación, muchos estudios están concentrados en el cálculo y determinación del rol de estas energías. Por ejemplo, estudios previos mostraron que las energías de activación pueden ser fácilmente modificadas, usando campos de deformación. No obstante, muchos aspectos aún no están muy claros. En este trabajo empleamos Algoritmos Genéticos para calcular configuraciones óptimas de agregados sobre superficies Cu (001) modeladas con el método de los átomos embebidos (EAM). Las configuraciones óptimas obtenidas no mostraron dependencia con respecto a la deformación aplicada. Adicionalmente estudiamos la dependencia de las energías de activación de salto e intercambio con respecto al ...

One of the most important aspects in the epitaxial growth of thin films is the mobility of adatoms and small agglomerates. As this mobility is related to activation energies, many studies are focused on calculating and determining the role of these energies. For example, previous studies showed that activation energies can be easily modified using deformation fields. However, many aspects are still not very clear. In this work we employed Genetic Algorithms to calculate optimal configurations of aggregates on Cu(001) surfaces modeled with the embedded atom method (EAM). The optimal configurations obtained showed no dependence on the applied strain. Additionally, we studied the dependence of the hopping and exchange activation energies on the applied strain level. It was observed that the hopping shows a clear dependence with respect to the biaxial tension or compression, in contrast to t...

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En el análisis dinámico de proteínas, un objetivo importante es la descripción de los movimientos lentos de grandes amplitudes. Estos movimientos describen configuraciones de reordenamiento que son importantes para la función de la proteína. Estos reordenamientos pueden cambiar la superficie de exposición de la proteína, y por lo tanto, influenciar las interacciones con su entorno. En este artículo, estudiamos los modos de baja frecuencia de la hélice Terminal C de la ATP Sintasa de la subunidad Gamma. Tres métodos son comparados: Modos Browinanos, Modos Calpha y Modos de Potencial Simplificado. Los resultados sugieren que el extremo F1 de la hélice es más rígido que otras partes. Esto es coherente con los recientes estudios donde se muestra como el extremo F1 de la hélice trabaja como un eje cigüeñal convirtiendo el movimiento de doblado y desdoblado de la subunidad Bet...

In the dynamic analysis of proteins, an important objective is the description of slow motions of large amplitudes. These motions describe rearrangement configurations that are important for protein function. These rearrangements can change the exposure surface of the protein, and thus influence interactions with its environment. In this article, we study the low-frequency modes of the C-terminal helix of the ATP synthase Gamma subunit. Three methods are compared: Browinan modes, Calpha modes and Simplified Potential modes. The results suggest that the F-terminus of the helix is stiffer than other parts. This is consistent with recent studies showing how the F, end of the helix works as a crankshaft converting the bending and unfolding motion of the Beta subunit into rotational motion. In addition, along the helix, flexible lengths are followed by rigid lengths. This property can serve t...