El presente trabajo de investigación tiene como objetivo principal proponer una metodología que permita guiar a los auditores gubernamentales del Sistema Nacional de Control Peruano en las auditorías de sistemas informáticos que se realizan en el sector público peruano. Para alcanzar dicho objetivo se aplicó las normativas dadas por la Contraloría General de la República, otras entidades del estado y estándares internacionales en la elaboración de la propuesta metodológica.