El municipio de Belén de los Andaquíes está localizado al sur occidente del departamento del Caquetá, aproximadamente a 43 kilómetros de la ciudad de Florencia, capital departamental. Su cabecera municipal se encuentra en la base de la cordillera oriental en la margen derecha del rió Pescado sobre la carretera marginal de la selva a 1˚25’28” de latitud norte y 75˚5’2’11” de longitud occidental.