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tesis de grado
Publicado 2019
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Determina la capacidad virulenta de una cepa aislada de la vesícula biliar de un cuy, con signos compatibles con salmonelosis, para identificar sus genes asociados a virulencia y resistencia a antibióticos. En este estudio, el genoma completo de S. Typhimurium cepa VET1 se sometió a un análisis in silico, que comenzó con el secuenciamiento mediante la plataforma Illumina HiSeq para generar lecturas de 2 × 101 pb. La calidad de los datos se verificó con FASTQC y los adaptadores fueron recortados con Trimmomatic. Las lecturas fueron ensamblados usando Velvet v.1.2.10 y se generaron 149 contigs con una cobertura de 111.0x, que dio como resultado un tamaño total del genoma de 4 905041 pb, con un contenido de G + C del 52.14%. La anotación génica mostró 4 885 genes, de los cuales 4 630 fueron CDS y 255 ARN, incluyendo 2 de ARNr, 56 ARNr y 197 ARNnc. Usando PHASTER, se identificaron...