Análisis comparativo y filogenético del genoma plastidial completo de especies del género vanilla

• Autor: Zuta Puscan, Marileydi
• Formato: tesis de maestría
• Fecha de Publicación: 2025
• Institución: Universidad Nacional Toribio Rodríguez de Mendoza de Amazonas
• Repositorio: UNTRM-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.untrm.edu.pe:20.500.14077/4881
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.14077/4881
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: ADN; Codones sinónimos; Evolución molecular; Genoma cloroplastidial; Selección positiva; Vanilla; Vanilloideae; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.14

La familia Orchidaceae alberga una notable diversidad genética, y el género Vanilla Plum. ex Mill. destaca por su importancia económica vinculada a la producción de compuestos aromáticos. Sin embargo, múltiples especies enfrentan riesgos por sobreexplotación y pérdida de hábitat. En este contexto, los genomas de cloroplasto representan recursos valiosos para investigaciones evolutivas y estrategias de conservación. En este estudio se secuenció y analizó los plastomas completos de cuatro especies de Vanilla (aromáticas y no aromáticas), integrándolos con seis genomas disponibles en NCBI. El ADN extraído de hojas jóvenes fue secuenciado mediante Illumina NovaSeq 6000. Posterior a ello, el ensamblaje de novo se realizó con GetOrganelle, MEGAHIT, NOVOPlasty y Geneious Prime, y la anotación con tRNAscan-SE y ORFfinder. Los resultados mostraron genomas con estructura cuatripartita típica (148,546–162,684 pb) con 128 genes, incluidos 69–71 codificantes, 38 tRNAs y 8 rRNAs. También se identificó ocho regiones hipervariables (π > 0.3) y cinco genes altamente variables (clpP, rpl32, rps18, infA, rps11), propuestos como marcadores moleculares. El análisis de uso de codones indicó una influencia combinada de presión mutacional y selección natural. Además, el modelo CODEML detectó selección positiva en cuatro genes (atpA, atpB, cemA, rpl20) (LRT, BEB > 0.95). Finalmente, los análisis filogenéticos basados en secuencias completas de plastoma revelaron una reubicación consistente de especies no aromáticas con soporte robusto (bootstrap =100). Estos hallazgos proporcionan información clave sobre la evolución molecular del plastoma en Vanilla, con implicancias relevantes para estudios filogenéticos, taxonómicos y de conservación.