Análisis bioinformático de la variabilidad genética y epitópica de factores de virulencia de Avibacterium paragallinarum para la clasificación serológica de aislados

• Autores: Rojas Montero, Alfonso Matías, Sandoval Ganoza, Gabriel Andrés
• Formato: tesis de grado
• Fecha de Publicación: 2021
• Institución: Universidad Peruana Cayetano Heredia
• Repositorio: UPCH-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.upch.edu.pe:20.500.12866/9322
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12866/9322
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: Coriza; Factores de Virulencia; Serotipos; Genomas; Serotipificación; Avibacterium; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.02.03; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.01; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.07

La coriza infecciosa es una enfermedad del tracto respiratorio de Gallus gallus domesticucs causada por la bacteria Avibacterium paragallinarum (AP), que genera una mortalidad incrementada y una disminución productiva para la industria avícola (1). La prevención de la coriza es dificultosa debido a la diversidad fenotípica de AP, cuyos aislados de campo requieren una identificación larga y costosa (2). Para estudiar la diversidad fenotípica de AP, se han clasificado los aislados de la bacteria en 3 serogrupos que contienen 9 serovariedades, usando un método de inhibición de la hemaglutinación (2). Esta clasificación es altamente demandante e ineficiente para identificar acertadamente todos los aislados (3), lo que es crucial para prevenir los brotes de la enfermedad. Si no se identifica qué serovariedad causa un brote específico, no se puede utilizar la vacuna adecuada, ya que las vacunas tienen una protección específica para cada serovariedad (1, 4). Los esfuerzos previos de serotipificación mediante técnicas moleculares (5, 10-12) y los análisis de la variabilidad genética de las proteínas causantes de la hemaglutinación HagA y HMTp210 (6,7,8) han sido poco exitosos y de baja reproducibilidad. Si bien se ha demostrado la relevancia de HMTp210 (13,14), la investigación reciente se ha enfocado infructuosamente en la secuencia de este único gen (13,15,16). Este enfoque ignora que la serotipificación tradicional se realiza a partir de extractos sonicados de AP (2), por lo que potencialmente podrían interferir otras moléculas inmunorrelevantes como factores de virulencia. Además, los estudios de HMTp210 registrados no contemplan la predicción de las estructuras post-traduccionales que determinan la respuesta inmune, como los epítopes reconocidos por el MHC-II (34). En este trabajo planteamos el análisis genético de los factores de virulencia de AP de 25 genomas para identificar si sus secuencias presentan polimorfismos específicos para cada serovariedad. Además, proponemos la predicción epitópica de 25 secuencias del gen HMTp210 para verificar si existen diferencias los epítopes predichos para cada serovariedad.