Exact and kernelization algorithms for Closet String

Descripción del Articulo

In this paper we address CLOSEST STRING problem that arises in web searching, coding theory and computational molecular biology. To solve it is to find a string that minimizes the maximum Hamming distance from a given set of strings. CLOSEST STRING is an NP-hard problem. This paper proposes two line...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Latorre Vilca, Omar
Formato: artículo
Fecha de Publicación:2020
Institución:Universidad Nacional de Trujillo
Repositorio:Revistas - Universidad Nacional de Trujillo
Lenguaje:inglés
OAI Identifier:oai:ojs.revistas.unitru.edu.pe:article/3080
Enlace del recurso:https://revistas.unitru.edu.pe/index.php/SSMM/article/view/3080
Nivel de acceso:acceso abierto
Materia:Closest String Problem
Combinatorial Optimization
Exact Algorithm
Fixed Parameter Algorithm
Kernelization
Problema de la subsecuencia de caracteres más próxima
Optimización combinatoria
Algoritmo exacto
Algoritmo de parámetro fijo
Kernelización
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spelling Exact and kernelization algorithms for Closet StringAlgoritmos exacto y de kernelización para el problema de la subsecuencia de caracteres más próximaLatorre Vilca, OmarClosest String ProblemCombinatorial OptimizationExact AlgorithmFixed Parameter AlgorithmKernelizationProblema de la subsecuencia de caracteres más próximaOptimización combinatoriaAlgoritmo exactoAlgoritmo de parámetro fijoKernelizaciónIn this paper we address CLOSEST STRING problem that arises in web searching, coding theory and computational molecular biology. To solve it is to find a string that minimizes the maximum Hamming distance from a given set of strings. CLOSEST STRING is an NP-hard problem. This paper proposes two linear-time algorithms, one for the general case, a kernelization algorithm, and the other for three-strings, a linear-time algorithm called Minimization First Algorithm (MFA). A formal proof of the correctness and the computational complexity of the proposed algorithms are given.En este artículo abordamos el problema de la subsecuencia de caracteres más próxima que surge en la búsqueda web, la teoría de la codificación y la biología molecular computacional. Para resolverlo debe se encontrar una subsecuencia de caracteres que minimice la distancia de Hamming máxima de un conjunto dado de subsecuencias, dicho problema está en NP-hard. Este artículo propone dos algoritmos de tiempo lineal, uno para el caso general, un algoritmo de kernelización, y el otro para tres subsecuencias de caracteres, un algoritmo de tiempo lineal llamado Algoritmo de la primera minimización (MFA). Se expresa una prueba formal para verificar la corrección y complejidad computacional de los algoritmos propuestos.National University of Trujillo - Academic Department of Mathematics2020-12-25info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttps://revistas.unitru.edu.pe/index.php/SSMM/article/view/3080Selecciones Matemáticas; Vol. 7 No. 02 (2020): August - December; 257-266Selecciones Matemáticas; Vol. 7 Núm. 02 (2020): Agosto-Diciembre; 257-266Selecciones Matemáticas; v. 7 n. 02 (2020): Agosto-Diciembre; 257-2662411-1783reponame:Revistas - Universidad Nacional de Trujilloinstname:Universidad Nacional de Trujilloinstacron:UNITRUenghttps://revistas.unitru.edu.pe/index.php/SSMM/article/view/3080/3935Derechos de autor 2020 Selecciones Matemáticasinfo:eu-repo/semantics/openAccessoai:ojs.revistas.unitru.edu.pe:article/30802022-10-21T18:50:04Z
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Algoritmos exacto y de kernelización para el problema de la subsecuencia de caracteres más próxima
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description In this paper we address CLOSEST STRING problem that arises in web searching, coding theory and computational molecular biology. To solve it is to find a string that minimizes the maximum Hamming distance from a given set of strings. CLOSEST STRING is an NP-hard problem. This paper proposes two linear-time algorithms, one for the general case, a kernelization algorithm, and the other for three-strings, a linear-time algorithm called Minimization First Algorithm (MFA). A formal proof of the correctness and the computational complexity of the proposed algorithms are given.
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