Agrupamento de instâncias em classes de equivalência para lidar com o problema da dimensionalidade em inferência de redes gênicas

• Autor: Montoya Cubas, Carlos Fernando
• Formato: tesis doctoral
• Fecha de Publicación: 2020
• Institución: Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria
• Repositorio: Registro Nacional de Trabajos conducentes a Grados y Títulos - RENATI
• Lenguaje: portugués
• OAI Identifier: oai:renati.sunedu.gob.pe:renati/3005
• Enlace del recurso: https://renati.sunedu.gob.pe/handle/sunedu/3061076
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: Redes de regulación genética; Inferencia de redes genéticas; Redes booleanas; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.02.01

La inferencia de redes de interacción de genes a partir de perfiles de expresión es un problema importante investigado en biología sistémica, siendo considerado un problema abierto. En este trabajo, el problema de agrupamiento de instancias fue formulado como un problema de búsqueda en el reticulado de particiones, además de formular estrategias de búsqueda en este reticulado en base a información a priori (por ejemplo: que una red de genes tiende a estar compuesta principalmente por funciones y canalizaciones). Además, desarrollamos un método de transferencia de aprendizaje supervisado obtenido de la inferencia de redes generadas aleatoriamente (sintéticas) que busca estimar las dimensiones correctas (grados) de los conjuntos de genes predictores para los respectivos genes objetivo. Los resultados experimentales indican que los métodos desarrollados, especialmente el método que busca funciones de canalización, obtiene redes competitivas tanto desde un punto de vista topológico como desde un punto de vista de la dinámica de expresión génica generada por redes inferidas. La principal ventaja de estos métodos de agrupación es la capacidad de generalización superior para generar el siguiente estado del sistema basándose en los estados iniciales extraídos y no en el conjunto de muestra de entrenamiento.