The SHAPE of tRNA folding and of the 5'-end of the HIV-1 genome
Descripción del Articulo
Desarrolla un método rápido y exacto para determinar la estructura secundaria del ARN y usarlo para entender el doblamiento de ARN y del extremo 5' del genoma de VIH-1. ARN se dobla en estructuras complejas y difíciles de predecir; durante el proceso de doblamiento algunos nucleótidos se hacen...
| Autor: | |
|---|---|
| Formato: | tesis doctoral |
| Fecha de Publicación: | 2007 |
| Institución: | Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria |
| Repositorio: | Registro Nacional de Trabajos conducentes a Grados y Títulos - RENATI |
| Lenguaje: | inglés |
| OAI Identifier: | oai:repositorio.sunedu.gob.pe:20.500.14366/1339 |
| Enlace del recurso: | https://doi.org/10.17615/gqsj-t277 https://hdl.handle.net/20.500.14366/1339 |
| Nivel de acceso: | acceso abierto |
| Materia: | ARN de transferencia VIH Genoma viral https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.04.01 |
| id |
RENATI_352df350b4686295c8c10e91bb3480dc |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:repositorio.sunedu.gob.pe:20.500.14366/1339 |
| network_acronym_str |
RENATI |
| network_name_str |
Registro Nacional de Trabajos conducentes a Grados y Títulos - RENATI |
| repository_id_str |
|
| dc.title.es_PE.fl_str_mv |
The SHAPE of tRNA folding and of the 5'-end of the HIV-1 genome |
| dc.title.alternative.es_PE.fl_str_mv |
El SHAPE de doblamiento de tRNA y del extremo 5' del genoma VIH-1 |
| title |
The SHAPE of tRNA folding and of the 5'-end of the HIV-1 genome |
| spellingShingle |
The SHAPE of tRNA folding and of the 5'-end of the HIV-1 genome Wilkinson, Kevin Andrew ARN de transferencia VIH Genoma viral https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.04.01 |
| title_short |
The SHAPE of tRNA folding and of the 5'-end of the HIV-1 genome |
| title_full |
The SHAPE of tRNA folding and of the 5'-end of the HIV-1 genome |
| title_fullStr |
The SHAPE of tRNA folding and of the 5'-end of the HIV-1 genome |
| title_full_unstemmed |
The SHAPE of tRNA folding and of the 5'-end of the HIV-1 genome |
| title_sort |
The SHAPE of tRNA folding and of the 5'-end of the HIV-1 genome |
| author |
Wilkinson, Kevin Andrew |
| author_facet |
Wilkinson, Kevin Andrew |
| author_role |
author |
| dc.contributor.advisor.fl_str_mv |
Weeks, Kevin M. |
| dc.contributor.author.fl_str_mv |
Wilkinson, Kevin Andrew |
| dc.subject.es_PE.fl_str_mv |
ARN de transferencia VIH Genoma viral |
| topic |
ARN de transferencia VIH Genoma viral https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.04.01 |
| dc.subject.ocde.none.fl_str_mv |
https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.04.01 |
| description |
Desarrolla un método rápido y exacto para determinar la estructura secundaria del ARN y usarlo para entender el doblamiento de ARN y del extremo 5' del genoma de VIH-1. ARN se dobla en estructuras complejas y difíciles de predecir; durante el proceso de doblamiento algunos nucleótidos se hacen flexibles. En el presente trabajo se identificó una molécula que modifica nucleótidos flexibles. Esta reacción fue ligada a extensión con cebadores y este proceso se llama SHAPE (Selective 2'-Hydroxyl Acylation analyzed by Primer Extension). Se utilizó SHAPE para demostrar que el doblamiento de ARNt involucra interacciones no jerárquicas. Además, se usó SHAPE para observar el genoma de VIH-1 en cuatro estados diferentes. |
| publishDate |
2007 |
| dc.date.accessioned.none.fl_str_mv |
2020-07-13T23:37:38Z |
| dc.date.available.none.fl_str_mv |
2020-07-13T23:37:38Z |
| dc.date.issued.fl_str_mv |
2007 |
| dc.type.es_PE.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| format |
doctoralThesis |
| dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
https://doi.org/10.17615/gqsj-t277 https://hdl.handle.net/20.500.14366/1339 |
| url |
https://doi.org/10.17615/gqsj-t277 https://hdl.handle.net/20.500.14366/1339 |
| dc.language.iso.es_PE.fl_str_mv |
eng |
| language |
eng |
| dc.rights.es_PE.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
| dc.publisher.es_PE.fl_str_mv |
University of North Carolina at Chapel Hill |
| dc.publisher.country.none.fl_str_mv |
US |
| dc.source.es_PE.fl_str_mv |
Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria - SUNEDU |
| dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Registro Nacional de Trabajos conducentes a Grados y Títulos - RENATI instname:Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria instacron:SUNEDU |
| instname_str |
Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria |
| instacron_str |
SUNEDU |
| institution |
SUNEDU |
| reponame_str |
Registro Nacional de Trabajos conducentes a Grados y Títulos - RENATI |
| collection |
Registro Nacional de Trabajos conducentes a Grados y Títulos - RENATI |
| dc.source.uri.es_PE.fl_str_mv |
Registro Nacional de Trabajos de Investigación - RENATI |
| bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/4550fdf3-465a-4a7d-a55b-c48da704538c/download https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/c3d94207-499b-4955-9b81-cfbea531cfa0/download https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/29fb79b2-f298-48d8-9b0e-21b1b54add1e/download https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/0bbef166-433e-421c-9a63-312777063f21/download https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/5b4b6b33-00b6-4560-8a1c-eeed21b46bbd/download https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/f2790bed-f818-40fc-a9ee-883888c73904/download https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/0a0149c2-472b-4b3a-b6ae-64f4e8280fa1/download |
| bitstream.checksum.fl_str_mv |
8bc1309ac9298efdbe34acc1795d55ec b17ee0b90f846c5b1e25d993d8cea2ca 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 873f467793457905046a9cca3351c83f ff4c8ff01d544500ea4bfea43e6108c1 bad7691d147450f159fe5d1fd1fa940e f47efc8c49e0bfd8d9125a5ee6ca388d |
| bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 |
| repository.name.fl_str_mv |
Repositorio de la Superintendencia Nacional de Educación Superior |
| repository.mail.fl_str_mv |
repositorio@sunedu.gob.pe |
| _version_ |
1859284970381508608 |
| spelling |
Weeks, Kevin M.Wilkinson, Kevin Andrew2020-07-13T23:37:38Z2020-07-13T23:37:38Z2007https://doi.org/10.17615/gqsj-t277https://hdl.handle.net/20.500.14366/1339Desarrolla un método rápido y exacto para determinar la estructura secundaria del ARN y usarlo para entender el doblamiento de ARN y del extremo 5' del genoma de VIH-1. ARN se dobla en estructuras complejas y difíciles de predecir; durante el proceso de doblamiento algunos nucleótidos se hacen flexibles. En el presente trabajo se identificó una molécula que modifica nucleótidos flexibles. Esta reacción fue ligada a extensión con cebadores y este proceso se llama SHAPE (Selective 2'-Hydroxyl Acylation analyzed by Primer Extension). Se utilizó SHAPE para demostrar que el doblamiento de ARNt involucra interacciones no jerárquicas. Además, se usó SHAPE para observar el genoma de VIH-1 en cuatro estados diferentes.Most RNAs function only once they fold to form difficult-to-predict base-paired helices and other structural elements. As an RNA forms a preferred secondary or tertiary structure, a characteristic set of nucleotides becomes constrained by base pairing and higher-order interactions, while unconconstrained positions remain flexible. Determining local nucleotide flexibility as a function of nucleotide position in a folded RNA provides important information that enables the sequence and structure of an RNA to be related to its biological function. I have developed a technology, termed selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension (SHAPE), that can be used to interrogate RNA structure under diverse in vitro and in vivo conditions. SHAPE chemistry can be applied to monitor protein binding events and locate promising sites for primer annealing in arbitrary RNA. SHAPE chemistry is based on the discovery that flexible RNA nucleotides preferentially sample conformations that enhance the nucleophilic reactivity of the 2'-hydroxyl group toward electrophiles, such as N-methylisatoic anhydride. Modified sites are detected as stops in an optimized DNA primer extension reaction, followed by sizing of the extension products. SHAPE chemistry scores local flexibility at all four ribonucleotides in a single experiment and discriminates between base-paired versus unconstrained residues with a dynamic range of 20-fold or greater. I have applied SHAPE chemistry to observe equilibrium melting of a model tRNA at single nucleotide resolution. I observed that RNA folding is a complex process involving structural rearrangement and the formation of tertiary structure concurrent with secondary structure. Furthermore, I have employed capillary electrophoresis and sophisticated analysis algorithms to create a high-throughput SHAPE (hSHAPE) experiment that can comprehensively interrogate the flexibility of several hundred nucleotides in a single robust experiment. Using hSHAPE, I analyzed the structure of HIV-1 genomic RNA as a function of 4 different biologically relevant states, including infectious viral particles. Despite many thermodynamically plausible structures, the HIV-1 genome exists in a single conformation. I observed the effects of tRNA primer binding, and the effects of nucleocapsid protein on RNA flexibility. hSHAPE chemistry is a promising, scalable approach that can rapidly and accurately analyze the structure of RNA molecules under biologically relevant conditions.Estados Unidos. University of North Carolina at Chapel Hill: Graduate Student FellowshipTesisapplication/pdfengUniversity of North Carolina at Chapel HillUSinfo:eu-repo/semantics/openAccessSuperintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria - SUNEDURegistro Nacional de Trabajos de Investigación - RENATIreponame:Registro Nacional de Trabajos conducentes a Grados y Títulos - RENATIinstname:Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitariainstacron:SUNEDUARN de transferenciaVIHGenoma viralhttps://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.04.01The SHAPE of tRNA folding and of the 5'-end of the HIV-1 genomeEl SHAPE de doblamiento de tRNA y del extremo 5' del genoma VIH-1info:eu-repo/semantics/doctoralThesisCiencias naturalesUniversity of North Carolina at Chapel Hill. Department of ChemistryDoctoradoDoctor en Químicahttps://purl.org/pe-repo/renati/level#doctorhttps://purl.org/pe-repo/renati/type#tesisORIGINALWilkinson_KA.pdfWilkinson_KA.pdfDisertación (abierta en repositorio de origen)application/pdf6856001https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/4550fdf3-465a-4a7d-a55b-c48da704538c/download8bc1309ac9298efdbe34acc1795d55ecMD51trueAdministratorREADAutorizacion.pdfAutorizacion.pdfAutorización del registroapplication/pdf97243https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/c3d94207-499b-4955-9b81-cfbea531cfa0/downloadb17ee0b90f846c5b1e25d993d8cea2caMD52falseAdministratorREADLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/29fb79b2-f298-48d8-9b0e-21b1b54add1e/download8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD53falseAnonymousREADTEXTWilkinson_KA.pdf.txtWilkinson_KA.pdf.txtExtracted texttext/plain103465https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/0bbef166-433e-421c-9a63-312777063f21/download873f467793457905046a9cca3351c83fMD58falseAdministratorREADAutorizacion.pdf.txtAutorizacion.pdf.txtExtracted texttext/plain4https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/5b4b6b33-00b6-4560-8a1c-eeed21b46bbd/downloadff4c8ff01d544500ea4bfea43e6108c1MD510falseAdministratorREADTHUMBNAILWilkinson_KA.pdf.jpgWilkinson_KA.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg14892https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/f2790bed-f818-40fc-a9ee-883888c73904/downloadbad7691d147450f159fe5d1fd1fa940eMD59falseAdministratorREADAutorizacion.pdf.jpgAutorizacion.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg32599https://repositorio.sunedu.gob.pe/backend/api/core/bitstreams/0a0149c2-472b-4b3a-b6ae-64f4e8280fa1/downloadf47efc8c49e0bfd8d9125a5ee6ca388dMD511falseAdministratorREAD20.500.14366/1339oai:repositorio.sunedu.gob.pe:20.500.14366/13392026-01-12T04:30:09.571235Zrestrictedhttps://repositorio.sunedu.gob.peRepositorio de la Superintendencia Nacional de Educación Superiorrepositorio@sunedu.gob.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 |
| score |
13.91977 |
Nota importante:
La información contenida en este registro es de entera responsabilidad de la institución que gestiona el repositorio institucional donde esta contenido este documento o set de datos. El CONCYTEC no se hace responsable por los contenidos (publicaciones y/o datos) accesibles a través del Repositorio Nacional Digital de Ciencia, Tecnología e Innovación de Acceso Abierto (ALICIA).
La información contenida en este registro es de entera responsabilidad de la institución que gestiona el repositorio institucional donde esta contenido este documento o set de datos. El CONCYTEC no se hace responsable por los contenidos (publicaciones y/o datos) accesibles a través del Repositorio Nacional Digital de Ciencia, Tecnología e Innovación de Acceso Abierto (ALICIA).
