Predicción de epítopos T en variantes del gen E2 del genotipo 16 del virus del papiloma humano identificadas en muestras endocervicales de mujeres asintomáticas - Bonifacio Velez de Villa, Eliezer Isaí (2025)
El virus del papiloma humano es la principal causa de cáncer de cuello uterino. Según la OMS, en 2022, se registraron 662 301 casos nuevos y 348 874 muertes en el mundo, lo que lo convierte en una de las principales causas de mortalidad en mujeres. La variabilidad genética del genotipo 16 influye en la progresión de lesiones cervicales. El gen E2 desempeña un papel crucial en la replicación viral y la regulación de oncogenes. Dada la alta prevalencia del VPH16 en Perú, este estudio tuvo como objetivo evaluar la variabilidad genética del gen E2 e identificar epítopos inmunogénicos de la proteína E2. Se analizaron 1433 muestras endocervicales de mujeres asintomáticas de Cajamarca, Perú. La detección del genotipo VPH16 y la amplificación del gen E2 se realizó mediante PCR, seguido de secuenciación. La predicción y evaluación de epítopos de células T se realizó con las herramientas IEDB, NetMHCpan y NetMHCIIpan, Vaxijen, ToxNet y pLM4Alg. En total 76 (5.3%) muestras fueron positivas para HPV16. El análisis filogenético de 47 secuencias del gen E2 demostró la co-circulación de los linajes asiático-americano (n=4) y europeo (n=46) de HPV16 en Cajamarca. En el gen E2 se identificaron 28 SNP, de las cuales 22 fueron no sinónimas. Así mismo, 17 mutaciones se asociaron a resultados positivos de Papanicolau. El análisis de predicción de epítopos identificó 2 epítopos de MHCI y 27 de MHCII, clasificados como potencialmente inmunogénicos, no tóxicos y no alergénicos, con una cobertura poblacional global para ambos MHC del 99.78%.