Caracterización del microbioma del ciego en cuyes (Cavia porcellus) de las razas Inti, Perú y Andina, Chachapoyas-2021 - Frias Torres Hugo (2023)
El cuy (Cavia porcellus) es un roedor de alta importancia económica y nutricional con creciente demanda y poca oferta en el mercado nacional. Existiendo una escasa aplicación de biotecnologías que incrementen eficiencia de producción y mejoramiento en la calidad cárnica. La fisiología digestiva de fermentación bacteriana post-gástrica que ocurre dentro del ciego, donde existe un consorcio bacteriano (el microbioma) especializado en la degradación de fibra, asociado a la absorción de nutrientes. El microbioma tiene un papel importante propia de cada raza asociado a su fenotipo, en ese contexto. El objetivo de este estudio fue caracterizar el microbioma de ciego de cuyes de las razas Inti, Perú y Andina mediante metagenómica para identificar posibles microorganismos asociados a la degradación y absorción de nutrientes. Fueron diseñados dos tratamientos de acuerdo a la raza y el suministro de alimento previo al sacrificio (animales con ayuno de 24 horas y sin ayuno). Así mismo se realizó el secuenciamiento de las regiones hipervariables V3-V4 del gen 16S ARNr al cual se aplicó un análisis bioinformático mediante el paquete QIIME2-2022.2. Encontrando más de 180 secuencias por muestra, de las cuales el 58.37% pertenecían al Phylum Firmicutes y el 27.99% al Phylum Bacteroidetes. No se encontraron diferencias en la composición bacteriana entre las 3 razas estudiadas, sin embargo, se vio que el ayuno por 24 horas tiene un efecto en la diversidad microbiana. En consecuencia, el ciego de cuy está dominado por bacterias pertenecientes a los Phylum (Firmicutes y Bacteroidetes), y a nivel de género (Ruminococcus, Prevotella y Fibrobacter) y especies (Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus albus, Ruminococcus bromii, Prevotella ruminicola y Fibrobacter succinogenes), dichas bacterias implicadas en la degradación de la fibra, candidatos potenciales para usó como probióticos en la producción sostenible del cuy.