Estudio DFT-TD-SCF, docking y dinámica molecular del proceso de copigmentación de antocianinas, ácidos orgánicos y el resveratrol. El uso del poliaspartato como agente encapsulante - Yaranga Chavez, Breyson (2024)
Realiza un proceso de copigmentación teórica empleando herramientas computacionales entre varios tipos de ácidos orgánicos, resveratrol y varios tipos de antocianinas. El estudio resultó favorable entre la cianidina y el resveratrol (complejo: CINRES). El complejo se usó después para interactuar con la proteína acetilcolinesterasa como posible vía para tratar la enfermedad neurodegenerativa como el Alzheimer. Para construir el complejo CINRES, se trabajó con tres niveles de teoría DFT: M062x/6-31g+(d,p) (d3bj); WB97XD/6-31+(d,p); APFD/6-31+(d,p), todas implementados en el programa Gaussian16W. Los resultados fueron visualizados con GaussView 6.0. Se encontró que, para el caso de este dímero, la distancia de formación del complejo CISRES más favorable fue de 3,53879 Å. Por su parte, la energía libre de unión ∆G en agua, en los tres niveles de teoría, fueron todas favorables, es decir, (M062x/6-31g+(d,p) (d3bj) = -3.31 kcal/mol; WB97XD/6-31+(d,p) = -1.68 kcal/mol; APFD/6-31+(d,p) = -6.91 kcal/mol). Se evaluaron isosuperficies de las interacciones no covalentes, utilizando el software MULTIWFN y como visualizador el VMD. Estudios de docking molecular también demostraron que, dado al tamaño del complejo, este no penetra al sitio activo de la proteína, pero que probablemente impediría destrucción de la acetilcolina, al bloquear el sitio activo de la acetilcolinesterasa. Finalmente, un estudio de dinámica molecular a 100 ns, probaría que, en promedio, el complejo CISRES es capaz de permanecer cerca del sitio activo, lo cual lo potencia como posible candidato al tratamiento a la enfermedad de Alzheimer.