Caracterización genómica de la capacidad virulenta de una cepa de Salmonella Typhimurium aislada de Cavia porcellus (cuy) - Aleman Alvarado, Marjorie Andrea (2019)
Determina la capacidad virulenta de una cepa aislada de la vesícula biliar de un cuy, con signos compatibles con salmonelosis, para identificar sus genes asociados a virulencia y resistencia a antibióticos. En este estudio, el genoma completo de S. Typhimurium cepa VET1 se sometió a un análisis in silico, que comenzó con el secuenciamiento mediante la plataforma Illumina HiSeq para generar lecturas de 2 × 101 pb. La calidad de los datos se verificó con FASTQC y los adaptadores fueron recortados con Trimmomatic. Las lecturas fueron ensamblados usando Velvet v.1.2.10 y se generaron 149 contigs con una cobertura de 111.0x, que dio como resultado un tamaño total del genoma de 4 905041 pb, con un contenido de G + C del 52.14%. La anotación génica mostró 4 885 genes, de los cuales 4 630 fueron CDS y 255 ARN, incluyendo 2 de ARNr, 56 ARNr y 197 ARNnc. Usando PHASTER, se identificaron tres regiones de profagos, incluyendo Gifsy-2, 118970_sal3 y RE-2010. La cepa VET1 fue asignada a ST19 utilizando el tipo de secuencia multilocus (MLST). Se identificó un total de 244 factores de virulencia. Entre ellos, 78 pertenecían a genes codificadores del sistema de secreción tipo 3 (T3SS), 68 a genes codificadores de la adherencia fimbrial y 51 a genes que codifican flagelos. Se consultó la base de datos CARD para identificar genotipos relacionados con la resistencia en el genoma de S. Typhimurium VET1. Se identificaron un total de 16 proteínas relacionadas a resistencia antimicrobiana, que pertenecen a 6 familias diferentes de genes de resistencia a antibióticos. Este estudio mostró que la cepa VET1 alberga genes que codifican adhesinas, proteínas flagelares, T3SS, sistemas de adquisición de hierro y genes de resistencia a antibióticos que pueden explicar la patogenicidad, capacidad de colonización y persistencia en el cuy. La existencia de elementos genéticos móviles sugiere que esta cepa podría adquirir y transferir material genético. El análisis genómico comparativo entre VET1 y otras cepas de Salmonella proporcionaría información fructífera para comprender la especificidad del huésped y desarrollar medidas de control contra la infección por S. Typhimurium.