Caracterización molecular de un begomovirus en tomate (Lycopersicon esculentum Mill) en costa y selva del Perú - Llacza Munive, Sally Lorena (2019)
El trabajo de investigación, se llevó a cabo con la finalidad de caracterizar un Begomovirus que infecta al cultivo de tomate se colectaron muestras en el distrito de Huanchaco, provincia de Trujillo, departamento de La Libertad, en el distrito de Lurín, provincia de Lima, departamento de Lima y en el distrito de Río Negro, provincia de Satipo, departamento de Junín. Las muestras presentan síntomas característicos de amarillamiento, deformación de las hojas, encrespamiento y enrollamiento. El aislamiento de ADN y estudio de caracterización molecular se realizaron en el Laboratorio de Diagnóstico Molecular de Sanidad Vegetal de la Facultad de Agronomía de la UNCP. La extracción del ADN genómico vegetal fue realizada mediante dos métodos CTAB (Bromuro de hexadeciltrimetilamonio) y kit comercial (InnuPREP Plant DNA kit). La amplificación de fragmentos de ADN fue realizada mediante la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR), la corrida electroforética con el gel de agarosa permitió detectar bandas de ADN amplificadas; la purificación de fragmentos amplificados fue realizado mediante el Kit GenepHlow ™ Gel / PCR. La secuenciación de los fragmentos de ADN amplificados fue realizada en Macrogen Inc., Seoul, South Korea. Finalmente se realizó el análisis bioinformático para determinar las relaciones de parentesco y se construyó el árbol filogenético comparando con otros Begomovirus reportados en el país y a nivel mundial. Se logró la identificación molecular de una muestra proveniente de Huanchaco, Trujillo Tomato leaf deformation virus (ToLDeV) existe en el GeneBank pertenece a la familia Begomovirus, el cual produce un efecto muy negativo en el cultivo de tomate. Las muestras provenientes del distrito de Huanchaco, departamento de La Libertad, se obtuvo un amplicón correspondiente a Begomovirus, sin embargo, en las muestras provenientes del distrito de Lurín, Lima; distrito de Río Negro, Junín no se obtuvieron amplicones correspondientes para Begomovirus. La caracterización molecular indica que la muestra HT1 tiene relación filogenética de segmentos parciales del gen AC1 de ToLDeV