Evaluación in silico de interacciones de anticuerpos monoclonales y nanocuerpos de camélidos sobre la proteína beta-amiloide en el diagnóstico de la enfermedad de Alzheimer - Alvarez Valdivia, Maria Gracia (2022)
Introducción. Desde el descubrimiento de los anticuerpos monoclonales (mAbs) y nanocuerpos (VHH), nuevas investigaciones buscan la aplicación de la inmunología en el diagnóstico de la Enfermedad de Alzheimer (EA), teniendo como blanco de interacción la proteína beta-amiloide (ßA), sin embargo, sus resultados aún son expectantes. El objetivo del estudio fue evaluar las interacciones de anticuerpos monoclonales (Solanezumab, Gantenerumab y Crenezumab) y nanocuerpos de camélidos (llama, vicuña y camello) sobre las estructuras de la proteína betaamiloide para el diagnóstico de la Enfermedad de Alzheimer, mediante herramientas computacionales. Materiales y Métodos. Fue un estudio experimental in silico, las estructuras se obtuvieron del Protein Data Bank (PDB), la simulación de dinámica molecular (DM) se realizó en el software GROMACS v.5.0.5., RMSD (Root mean square deviation), radio de giro (RG) y diagrama de Ramachandran validaron las estructuras, Se hizo un análisis de las fluctuaciones después de la interacción. La predicción de drogabilidad y acoplamiento se realizaron en los servidores PockDrug y PatchDock respectivamente. Resultados. Las estructuras PDB de mAbs fueron 4XXD (Solanezumab), 5VZY (Crenezumab), 5CSZ (Gantenerumab), de nanocuerpos 1I3V (Llama), 5J57 (Vicuña) y 5U64 (Camello) y de ßA fueron 1IYT (Monómero), 2NAO (Trímero) y 5OQV (Tetrámero, Pentámero y Estructura Fibrilar). La DM fue de 10ns; los valores del RMSD, fluctuación RMS, RG y Ramachandran indicaron su buena calidad, estabilidad y naturalidad. El acoplamiento molecular indicó las zonas de interacción y la energía atómica de contacto entre mAbs y VHH frente a las formas de ßA, con un valor entre -3.12 y -17.15 kcal/mol. Conclusión. Se validó los modelos estructurales, la variación conformacional y energía generada por las interacciones moleculares entre los mAbs y VHH frente a las estructuras de la proteína ßA, mediante herramientas computacionales. Este estudio contribuye en el planteamiento de nuevos métodos diagnósticos para la EA.