Perfil de Expresión Génica por RNA-SEQ del Cáncer Diferenciado de Tiroides Diagnósticado en el HNCASE ESSALUD, Arequipa 2019-2020 - Cárdenas Abarca, Carlos Arturo (2022)
Los avances en la tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS) RNA-Seq están permitiendo revelar el genotipo del cáncer diferenciado de tiroides (CDT). Poco se conoce acerca de los genes que están activos en esta patología. Por lo que la presente tesis tiene como objetivo describir el perfil de expresión del CDT de la población Arequipeña. Se enroló un total de 11 pacientes con CDT sometidos a tiroidectomía entre 2019-2020 del Hospital Nacional Carlos Alberto Seguín Escobedo EsSalud Arequipa. El ARN total fue aislado de las biopsias obtenidas de los pacientes y estas fueron sometidas a una secuenciación masiva mediante RNA-Seq utilizando el protocolo Illumina. También se revisaron datos clínicos para su caracterización y análisis molecular de dicha patología. El análisis epidemiológico de los pacientes muestra un predomino del grupo etario de 40-49 años de edad (45.45%), a predominio femenino (63.64%). El 100% de casos tuvo escore TI-RADS V, con escores Bethesda V y VI en el 36.36% y 64.4% respectivamente; 72.73% de tumores fueron unifocales. Las variantes histopatológicas más frecuentes fueron papilar (81.82%) y folicular (18.18%), encontrando 2 variantes histológicas agresivas del carcinoma papilar, la columnar y estroma fibroso tipo fascitis-like, ambas en el 9.09%. La tiroiditis crónica coexistió en el 18.18% de casos. El estadio clínico predominante fue el de grado I (72.73%) seguido por el grado II (27.27%). El análisis bioinformático de la secuenciación masiva (RNA Seq), mediante el software IGV y utilizando el genoma GRCh38.p13, mostró una prevalencia de las mutaciones en los genes BRAF, TERT y P53 de todos los pacientes. Los 30 primeros genes con mayor frecuencia de expresión fueron: PCB2, LRMDA, WWOX, RPS29, RBFOX1, FHIT, NTM, RAD51B, PRKN2, MACROD2, ASIC2, TBC1D5, GPC5, EXOC4, IMMP2L, CAMTA1, CDH13, SMYD3, ANKS1B, DAB1, DLG2, FRMDA4A, KCNIP4, CTNNA2, AGBL4, PRKCE, SYN3, ARHGAP15, PACRG, C9orf92. Por otro lado, el análisis bioinformático de las secuencias usando el software Arriba (versión 1.2.0) evidencia la presencia de 3 proteínas de fusión descritas por primera vez en esta patología como son: TDG-TMEM132B, MEIS1-ITSN2, KCNE1B-FP671120.4. La tecnología RNA Seq revela que las muestras analizadas presentan un perfil de expresión estándar, se encontró 5 nuevas mutaciones para el gen BRAF, 18 nuevas mutaciones para el gen TERT y 3 proteínas de fusión que por primera vez son descritas en la presente tesis.