Caracterización In silico y clonación del gen Aspartil Aminopeptidasa a partir de datos NGS (next generation sequencing) del halófilo moderado Chromohalobacter salexigens MP25462 - Pacheco Capcha, Kevin Brandon (2021)
El presente trabajo esta basado en la investigación de las enzimas proteolíticas que son biotecnológicamente catalizadores muy importantes, es por ello que su búsqueda y obtención deben realizarse de manera rápida y eficaz. Es así que las nuevas tecnologías de secuenciación masiva tienen la capacidad de otorgar toda la información genómica de un organismo para la obtención de un gran número de genes de interés. El presente estudio se enfocó en caracterización in silico y clonación del gen aspartil aminopeptidasa a partir de datos de secuenciación de próxima generación (NGS) del halófilo moderado Chromohalobacter salexigens MP25462. El aislamiento de C. salexigens MP25462 y secuenciación NGS de su material genético se realizó dentro del proyecto “Secuenciación del metagenoma de ambientes salinos del departamento de Cusco”. Los datos genómicos obtenidos de secuenciación masiva atravesaron por un control de calidad mediante el programa FastQC. El ordenamiento del genoma se realizó con los ensambladores genómicos de novo Velvet, A5 y Spades; y la anotación del genoma ensamblado con el servidor RAST. El modelado de la proteína DAP a partir del gen aspartil aminopeptidasa se efectuó con el servidor en línea I-TASSER y se visualizó con el programa Chimera. El diseño de cebadores se ejecutó con el programa Gene Runner para la amplificación, mediante PCR (Polimerase Chain Reaction) del gen completo aspartil aminopeptidasa. La clonación del gen se llevó a cabo en el vector pGEM-T utilizando células JM109 competentes para finalmente criopreservarlas. La estandarización de PCR fue a 48, 51 y 55° C amplificando una sola banda de 1283 pb. en las tres temperaturas. La clonación del gen aspartil aminopeptidasa de MP25462 se consiguió en dos colonias JM109: DAP-T2 y DAP-T7, logrando validar el proceso bioinformático y la existencia del gen aspartil aminopeptidasa en MP25462.