Caracterización in silico y análisis filogenético dela malato sintasa de Paracoccidioides brasiliensisasociada a su proceso de infección - Huayhua, Julio K. (2016)
Objetivo: Realizar la caracterización in silico de la proteína malato sintasa de Paracoccidioides brasiliensis relacionada con su proceso de infección. Materiales y métodos: Se obtuvo la secuencia aminoacídica de malato sintasa de P. brasiliensis (código de accesión: AQ75800.3) del GenBank. Dicha secuencia fue utilizada para determinar sus principales parámetros bioquímicos, dominios y regiones conservadas, predicción de estructuras secundarias y modelamiento tridimensional, empleando las herramientas bioinformáticas ProtParam, Clustal Omega, PHD Secondary Structure Prediction, SWISSMODEL, Phyre2 y Robetta, respectivamente. La visualización y comparación de los modelos tridimensionales se realizó empleando PyMol. Finalmente, se buscó el modelo de sustitución aminoacídica con modelgenerator_v_85 y se usó para generar una filogenia de máxima verosimilitud en PHYML, la cual se visualizó en FigTree. Resultados: La malato sintasa de P. brasiliensis es una proteína básica de 60.9 kDa, la cual presenta 53.1% de hélices α, 6.3% de láminas β y 40.6% de loops internos con plegamiento de tipo TIM beta/alpha-barrel. Se observó una estructura conservada entre diversos organismos. Conclusión: La malato sintasa de P. brasiliensis es una transferasa básica de mediano peso molecular que presenta estructura conservada y que estaría relacionada con su proceso de infección y el de otros organismos relacionados.