Análisis de clustering de secuencias genómicas de SARS-COV-2 identificadas en Perú - Mejia Mujica, Carolina Estefania (2023)
El presente proyecto de tesis tiene como objetivo el desarrollo de una herramienta analítica interactiva para representar visualmente la diversidad de las secuencias genómicas de SARS-CoV-2 en el Perú, que facilite el análisis de agrupamientos en el espacio y tiempo; y, que permita incorporar nuevas secuencias. Este trabajo pretende resolver la necesidad de realizar una analítica avanzada que incluya representaciones de agrupamiento en el espacio y tiempo de la diversidad de las secuencias genómicas de SARS-CoV-2 en el Perú con el fin de apoyar la vigilancia genómica. Esta investigación surge debido a la pandemia y al virus que evoluciona aceleradamente presentando constantes variantes genómicas, por lo que, la comunidad académica y autoridades sanitarias están interesados en entender la diversidad de estas para así realizar más estudios sobre su propagación. En el caso del Perú, de acuerdo a la revisión bibliográfica, no se encontraron estudios publicados que investiguen la distribución de las variantes del virus SARS-CoV-2. Comprender esta dinámica es importante porque ayudará a conocer el impacto de la pandemia en el país, además de tener un mejor conocimiento de la propagación del virus SARS-CoV-2 para que las autoridades sanitarias tomen acciones informadas. Por ello, los objetivos planteados son el desarrollo de un módulo de software que permita realizar una representación visual espacio-temporal de las secuencias genómicas SARS-CoV- 2; el desarrollo de un módulo de software que permita realizar un análisis de agrupamiento de las secuencias genómicas SARS-CoV-2 con la capacidad de incorporar nuevas secuencias; y la implementación de vistas con capacidades interactivas en ambos módulos para que el usuario interactúe con ellos. Finalmente, la herramienta desarrollada cumple con realizar un análisis de agrupamiento y una representación visual en el espacio-tiempo de la diversidad de secuencias genómicas SARS-CoV-2 para apoyar la vigilancia genómica en el Perú.