Identificación de polimorfirmos del gen BoLA DRB3 – Exón 2 (Bovine Linphocyte Antigen) en bovinos criollos peruanos (Bos taurus Linneaus, 1758) mediante el método SSCP (Single Strand Conformation Polimorphism) - Poquioma Hernández, Hilda Vanessa (2014)
El antígeno leucocitario bovino (BoLA) y algunos de sus alelos han sido identificados y asociados con variedad de enfermedades; sin embargo no hay reportes sobre el estudio de este gen en bovinos criollos peruanos. Con el objetivo de determinar los polimorfismos del gen DRB3 exón 2, un total de 299 bovinos criollos provenientes de las regiones de Ancash, Apurímac, Ayacucho, Huancavelica, Junín, La Libertad y Puno, fueron analizados mediante la técnica de Electroforesis de detección de polimorfismos conformacionales de cadena simple (SSCP) con un posterior proceso de secuenciamiento. Patrones de diversidad y estructuración genética así como análisis filogenéticos fueron conducidos. Los niveles de diversidad genética (π) y haplotípica (h) fueron altos para todas las regiones analizadas así como para la población total (π = 0.921). Se logró identificar 34 genotipos diferentes compuestos por 27 alelos de los cuales 6 son nuevos y 21 previamente reportados. Los alelos *1801, *14011 y *4802 fueron los más frecuentes en las poblaciones analizadas, siendo de gran importancia pues reportan asociación a mastitis y resistencia a garrapatas. Por otro lado, el alelo *1501 no presentó tan alta frecuencia, pero fue común para todas la poblaciones. No se registró algún tipo de estructuración poblacional (AMOVA) entre las regiones estudiadas, lo que es soportado por las pequeñas distancias genéticas encontradas y los análisis de coordenadas principales. Test de detección de selección natural fueron conducidos, y revelan un posible cuello de botella en las poblaciones analizadas. Análisis filogenéticos muestran agrupaciones similares bajo diferentes metodologías y sitúan a la población de La Libertad en una rama más alejada al resto de las poblaciones. Los resultados obtenidos, soportan una alta diversidad genética para el gen DRB3 exón 2 en poblaciones de bovinos criollos peruanos adaptados a las zonas alto andinas; diversidad que puede ser explicada por los múltiples orígenes de este germoplasma (producto de ganado europeo introducido durante la conquista así como introducción de nuevo material genético en los últimos 50 años), lo cual constituye información relevante para el establecimiento de programas de mejora genética que eleven la productividad de los criadores de la región. The bovine leukocyte antigen (BoLA) and some of its alleles have been identified and associated with a variety of diseases; however there are no reports on the study of this gene in Peruvian Creole cattle. In order to determine polymorphisms DRB3 gene exon 2, 299 Creole cattle from the regions of Ancash , Apurimac , Ayacucho , Huancavelica , Junín , La Libertad and Puno, were analyzed by the technique of electrophoresis detection of polymorphisms single stranded conformational (SSCP) with subsequent sequencing process . Patterns of diversity and genetic structure and phylogenetic analyzes were conducted. The levels of genetic diversity (π) and haplotype (h) were high for all regions and analyzed for the total population (π = 0.921). We identified 34 different genotypes consisting of 27 alleles, 6of which are new and 21 previously reported . The alleles * 1801, * 14011 and * 4802 were more frequent in the populations analyzed, being of great importance as reported association mastitis and resistance to ticks. On the other hand, the allele * 1501 presented not as high frequency, but it was common to all populations . Some kind of population structure (AMOVA) among the studied regions were recorded , which is supported by small genetic distances encountered and principal coordinates analysis. Test to detect natural selection were conducted, and reveal a potential bottleneck in the populations analyzed. Phylogenetic analyzes show similar groupings under different methodologies and located in the town of La Libertad in the more remote locations other branch. The results obtained support a high genetic diversity for the DRB3 gene exon 2 in Peruvian Creole cattle populations adapted to the highlands; diversity can be explained by the multiple origins of this germplasm (product of European cattle introduced during the conquest and introduction of new genetic material in the last 50 years), which is relevant information for the establishment of breeding programs that raise productivity of farmers from the region.