Caracterización molecular mediante marcadores ISSR de una colección de 50 árboles clonales e híbridos de cacao (Theobroma cacao L.) de la UNAS-Tingo María - Chia Wong, Julio Alfonso (2009)
Los programas de mejoramiento genético requieren de herramientas versátiles y de bajo costo que permitan lograr en menor tiempo nuevas variedades. En el caso del cacao, se disponen de una serie de técnicas moleculares que facilitan el trabajo al fitomejorador. Sin embargo, la utilidad y conveniencia de tales, serán elegibles dependiendo de las condiciones y objetivos del trabajo. Por este motivo, se trazaron los objetivos de ensayar los marcadores ISSR, determinar su poder discriminante y determinar parámetros de diversidad genética en una colección de cacao de Tingo María. Ésta consistió en 50 individuos o accesiones, de diversas procedencias genéticas y geográficas. El ISSR es una técnica basada en PCR que amplifica el fragmento entre dos secuencias de microsatélites, utilizando un iniciador complementario a éstos. Las muestras fueron colectadas en la provincia de Leoncio Prado (región de Huánuco) donde los árboles de cacao se mantienen en dos ubicaciones: el Banco de Germoplasma de la Universidad Nacional Agraria de la Selva y de la Estación Experimental Agrícola Tulumayo. Según el origen geográfico, se separaron 44 accesiones en dos poblaciones y once subpoblaciones. Las restantes seis accesiones no fueron incluidos en el análisis poblacional dado su origen híbrido. Se colectaron hojas sanas de uno o dos árboles clonales y se almacenaron en silicagel. Se determinaron preliminarmente los protocolos adecuados de extracción de ADN, PCR, y electroforesis con 4 accesiones: ICS1, CAT4, U70 y EET223; se experimentaron con estos genotipos con 59 iniciadores ISSR disponibles en las mismas condiciones PCR. Resultaron 13 primers ISSR con un perfil de amplificación aceptable, de los cuales se eligieron los 5 mejores para amplificar las 50 muestras. El análisis de datos se hizo con dos grupos de datos: un grupo abarcó los 50 OTUs totales y el otro grupo consistió en 6 híbridos Bioversity/UNAS con sus 11 parentales (total: 17). El análisis multivariado y genético se realizó utilizando tres paquetes estadísticos: NTSYSpc v2.1p, Arlequín v3.1 y POPGENE v1.32. Con el primer programa, se realizaron los análisis de agrupamiento (UPGMA-Jaccard) y ordenación (PCoA y nmMDS), así como los de validación (prueba de Mantel), logrando una diferenciación de cacao Nacionales vs. Internacionales, así como una distribución espacial entre parentales y su respectiva progenie.