Análisis filogenético y de docking molecular de la proteína conglutina γ de Lupinus albus y su interacción con el receptor de insulina humana. - Rodriguez Carnero, Luis Antonio (2016)
Realizar un análisis de las relaciones filogenéticas de la conglutina gamma de L. albus con otras proteínas vegetales y evaluar mediante docking molecular su interacción con moléculas relacionadas al control de la glicemia. Materiales y métodos: Se evaluaron las secuencias de aminoácidos del GenBank mediante BLAST, del cual se obtuvieron similitudes del 20% a 80%. Se usó la aplicación ModelGenerator_v_85 para encontrar el mejor modelo de sustitución y el servidor PHYML para generar un árbol de máxima verosimilitud. Se modeló la proteína en su forma monomérica con Phyre2. Se descargaron del PDB estructuras de insulina humana y relacionadas, se refinaron con 3DRefine y se prepararon con Chimera 1.10.2 para docking. Los análisis de docking se realizaron en ClusPro y se compararon las energías mínimas de los 3 mejores modelos elegidos por CONSRANK. Resultados: Las secuencias de la proteína con el 20-80% de aminoácidos conservados con la conglutina γ fueron obtenidas de GenBank. Los modelos de la substitución y la predicción de la estructura tridimensional fueron obtenidos usando ModelGenerator y Phyre2, respectivamente; usando la forma monómero de conglutina γ. El árbol filogenético de máxima verosimilitud fue construida usando PHYML, lo que demuestra que la secuencia de aminoácidos de la conglutina γ se encuentra agrupado más cercanamente a las globulinas básicas 7S de Glicine max y Morus notabilis. Para el análisis de docking molecular de la conglutina γ, se descargaron los archivos PDB de la insulina humana y las diferentes moléculas relacionadas (insulina unida al factor de crecimiento I y II, receptor humano de la insulina), refinado con 3DRefine y preparado usando Chimera. El acoplamiento molecular fue realizado en ClusPro y la energía mínima de los mejores modelos seleccionados por CONSRANK fue comparada. Esta simulación demuestra los valores de una predicción de unión altamente notable solamente con el receptor humano de la insulina.Conclusiones: La conglutina γ de Lupinus albus es una proteína con una baja conservación de aminoácidos fuera del grupo de los Lupinos, su forma monomérica presenta una alta probabilidad de la interacción con el receptor de insulina humana. Esto es una evidencia adicional para su acción de la insulino-mimético que refuerza su uso en el cotratamiento con metformina. Palabras clave: modelamiento, conglutina, hiperglucemia, docking molecular, máxima verosimilitud.