Secuenciación Molecular del Gen 16 “S” para la Identificación del Agente Causal de Linfadenitis en Cuyes (Cavia porcellus) Arequipa – 2017 - Quispe Avendaño, María Elena Rina (2019)
El presente estudio se realizó en 4 etapas; la primera consistió en obtener muestras de abscesos cervicales de cuatro cuyes con linfadenitis durante el desarrollo de prácticas del curso de Patología Veterinaria. La linfadenitis es una enfermedad que se caracteriza por la formación de abscesos crónicos en los linfonódulos, principalmente cervicales; los ganglios linfáticos inguinales y retroperitoneales puedes estar ocasionalmente involucrados (Morales y Barrios, 2017) La segunda etapa consistió en que dichas muestras pasaran por un proceso de cultivo de bacterias dentro de las cuales se realizaron 4 pasajes para purificar las muestras. Este procedimiento se llevó a cabo en las instalaciones del Laboratorio Lavetsur en un periodo de 4 días Inmediatamente después las muestras purificadas fueron llevadas a las instalaciones del Instituto de Biotecnología del ADN Uchumayo E.I.R.L. del Dr. Julio Cesar Bernabé y la Dra. Jani Pacheco, donde se procedieron a extraer el ADN de cada muestra hasta la fase de obtención de las cadenas de ADN de dichas bacterias mediante procesos de amplificación y electroforesis. Finalmente una vez obtenidas las cadenas de ADN estas fueron enviadas para su secuenciación molecular, esto se llevó a cabo en el laboratorio de Biología Molecular de la Universidad de Harvard en Estados Unidos. Cada secuencia obtenida fue analizada y comparada con secuencias existentes mediante el uso de programas de bioinformática con base de datos, GenBank, utilizando el algoritmo BLAST y Sequence Match. El objetivo general del presente trabajo estuvo orientado a identificar molecularmente al agente etiológico causante de la linfadenitis en cuyes (Cavia porcellus) mediante secuenciación molecular del gen 16S a partir del aislamiento de 04 cepas bacterianas de los abscesos cervicales de cuyes, de los cuales se obtuvieron 04 secuencias de nucleótidos. Al asociar las secuencias de las 04 cepas bacterianas aisladas de abscesos cervicales de cuyes, en el Software de Gen Bank, se observó que las 04 cepas aisladas se encuentran con una identidad menor de 100 %, por lo que se puede concluir que las 04 secuencias bacterianas provenientes de las cepas aisladas NO corresponden a ningunas de las registradas en el Gen Bank. Las 04 secuencias de las cepas bacterianas aisladas presentan una identidad con cepas registradas en el Gen Bank entre 95% y 99% como máximo de identidad, de las cuales 3 cepas se asemejan en gran porcentaje a Streptococcus equi, y 01 cepa tiene alto porcentaje de similitud con Staphylococcus warneri. Al construir el árbol filogénico de las secuencias se observó que de las 04 secuencias 01 se presenta en forma alejada del centro de la rama principal, indicando que se trata de una cepa de la familia bacteriana pero mucho más antigua y 03 cepas se encuentran dentro de las ramas del árbol filogénico. Palabras claves: Streptococcus spp, Staphylococcus spp. amplificación de ADN, reacción en cadena de la polimerasa, electroforesis, secuenciación molecular, linfadenitis, cuy.