"Análisis del Metagenoma Bacteriano de la rizósfera de Quinua (Chenopodium quinoa Willd) en suelos de alta fertilidad y degradado en Huando, Huancavelica" - Mancilla Condor, Juan Luis (2019)
Este estudio se desarrolló con la finalidad de conocer cambios en la población bacteriana de dos chacras campesinas, una de suelo fértil (SF) y otra degradada (SD), localizadas a 3562 msnm en Huando - Huancavelica cultivándose la quinua en la campaña agrícola 2016-2017. La comunidad bacteriana del suelo rizosférico (SR) de 30 plantas de quinua al 50% de floración y de 30 muestras de suelo no rizosférico (SNR) se analizaron después de la extracción de ADN del suelo. Para el análisis metagenómico se amplificó la región hipervariable V3-V4 del gen 16S rrna empleando IlluminaMiseq en FISABIO (Valencia, España). Se utilizaron FastQC y SEED2 para el procesamiento de secuencias, lo que permitió obtener 67235 secuencias normalizadas de 430 a 470 nucleótidos. Las secuencias se clasificaron en la plataforma de RDP11. En SR del SF se agruparon en 24 phyla con 60106 secuencias y 26 phyla con 47716 secuencias en SNR; en cambio en SD fue de 21 phyla con 61025 secuencias en SR y 22 phyla con 57105 secuencias en SNR. Se halló en SF 5356 unidades taxonómicas operativas (Otus) en SR y 6809 Otus en SNR. En SD se halló 5017 Otus en SR y 5571 Otus en el SNR. Los géneros más abundantes en SF y SD fueron Arthrobacter, Pseudomonas y Flavobacterium en SR, Gaiella, Gp6 y Paenibacillus predominaron en SNR. Existe una elevada biodiversidad en SR y SNR de ambos suelos, la diversidad en SR es menor que en SNR y además se aprecia pérdida de biodiversidad en SD con respecto al SF. Palabras clave: Metagenómica, rizosfera, secuenciación masiva, quinua