Evaluación de la diversidad genética de Aeromonas salmonicida patógena aislada de la Sierra peruana mediante MLST

• Autor: Nuñure Ortega, Jeferson
• Formato: tesis de maestría
• Fecha de Publicación: 2023
• Institución: Universidad Peruana Cayetano Heredia
• Repositorio: UPCH-Institucional
• Lenguaje: español
• OAI Identifier: oai:repositorio.upch.edu.pe:20.500.12866/15011
• Enlace del recurso: https://hdl.handle.net/20.500.12866/15011
• Nivel de acceso: acceso abierto
• Materia: MLST; Aeromonas; Truchas; Acuicultura; Perú; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.12; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#4.03.01

La trucha arcoíris es una importante especie acuícola del Perú que es afectada por Aeromonas sp. Para la identificación de Aeromonas se recomienda un análisis fenotípico, molecular y de filogenia. El MLST (Multilocus Sequence Typing) permite tipificar, establecer asociaciones y relaciones interespecie mediante secuenciación de genes de mantenimiento. El presente estudio descriptivo-interpretativo evaluó la diversidad genética y relacionó 11 cepas patógenas de Aeromonas salmonicida y Aeromonas sp., procedentes de truchas arcoíris afectadas de las regiones de Cajamarca (3), Puno (2), Junín (5) y Ancash (1), usando seis (6) genes housekeeping (recA, gyrB, metG, gltA, groL y ppsA) y datos del Aeromonas MLST Databases. Se identificó las cepas por ARNr 16S, luego se realizó secuenciación, ensamblaje de genomas, detección de genes housekeeping, alineamiento múltiple y relación filogenética por MLST. El análisis MLST halló que las cepas Aeromonas salmonicida 10, 12 (Cajamarca) y 11 (Junín) forman un grupo monofilético muy relacionada a la cepa 6 (Áncash), pero la A. salmonicida cepa 7 (Puno) forma un brazo filogenético diferenciado, mientras las cepas Aeromonas sp. 2, 3, 4, 5 (Junín) y 9 (Puno) forman otro clado superior. La cepa patógena Aeromonas sp. 1 (Cajamarca) forma un clúster diferente mientras la cepa 8 no se relacionó a Aeromonas. Se concluyó que los genes housekeeping analizados son adecuados para reconstruir relaciones de parentesco entre poblaciones de Aeromonas; además, la diversidad genética de las cepas Aeromonas salmonicida y Aeromonas sp. analizadas mostró asociación en dos grandes grupos circulantes, en la sierra norte y sierra centro del Perú, respectivamente.