Análisis bioinformático de la proteína SAG29 de Arabidopsis thaliana involucrada en la respuesta al estrés salino - Chavez-Gamarra, Malú (2015)
Objetivo: Realizar el análisis bioinformático de la proteína SAG29 de Arabidopsis thaliana involucrada en la respuesta al estrés salino. Material y métodos: Se realizó la búsqueda de proteínas relacionadas al estrés salino en plantas empleando la base de datos del GenBank. A partir de dicha información, se obtuvo la secuencia aminoacídica de la proteína SAP29 de A. thaliana (código de accesión AED91859.1). Dicha secuencia fue utilizada para determinar sus principales parámetros bioquímicos, dominios conservados entre proteínas cercanamente relacionadas, predicción de estructuras secundarias y modelamiento tridimensional, empleando las herramientas bioinformáticas ProtParam, Prosite, PHD Secondary Structure Prediction, SWISS-MODEL y Phyre2, respectivamente. La visualización de modelos tridimensionales se realizó empleando PyMol. Resultados: La proteína SAG29 posee 292 aminoácidos y un peso molecular de 32.9 kDa, así como dominios conservados correspondientes a proteínas involucradas en el transporte de azúcares a través de la membrana plasmática de células vegetales. Además, de acuerdo con la predicción de su estructura tridimensional, resulta evidente que SAG29 es una proteína transmembrana con siete dominios formados por hélices α y que poseen poca similitud estructural con otras proteínas reportadas. Conclusión: La proteína SAG29 de A. thaliana es una molécula básica de mediano peso molecular relacionada con las proteínas de la familia MtN3_slv. Además resultan importantes en la regulación de la viabilidad celular y respuesta al estrés salino.